氣相色譜儀色譜柱上如果有高分子不揮發性物質殘留，那么在程序升溫時就容易產生基線漂移，因為這些物質的保留較強，在柱中移動緩慢，可以采用重新老化的方法將這種強保留組分從柱子上趕出，但這種方法增加了固定液氧化的可能性。
此外，還可以使用溶劑沖洗氣相色譜儀色譜柱（沖洗之前請閱讀柱子的使用注意事項,以便選出合適的溶劑）；也可以安裝保護柱，這樣可以預防問題發生。
如果是氣相色譜儀進樣器被污染造成基線漂移，可以通過更換進樣墊、襯管和密封圈來解決，同時用溶劑沖洗進樣口，維護完畢之后，用一段熔融石英管將氣相色譜儀進樣器和檢測器連接起來，進一針空樣，以確認氣相色譜儀進樣器已經干凈。
由氣相色譜儀檢測器帶來的基線漂移通常是由補償氣或者燃氣當中少量的烴類物質引起的，使用高純氣體凈化器處理補償氣或者燃氣可以減少這種基線漂移；氣相色譜儀使用高純氣體發生器可以改善FID的基線穩定性；正確的氣相色譜儀檢測器維護，包括定期的清洗，都可以減少這種漂移。
氣相色譜儀能直接分析的樣品必須是氣體或液體，固體樣品在分析前應當溶解在適當的溶劑中，而且還要保證樣品中不含氣相色譜儀不能分析的組分（如，無機鹽）或可能會損壞色譜柱的組分。
