色譜柱的儲存液無特殊說明，均為評價報告所示的流動相。在使用前，一定要注意色譜柱的儲存液與要分析樣品的流動相是否互溶。在反相色譜中，如用高濃度的鹽或緩沖液作洗脫劑，應先用10％左右的低濃度的有機相洗脫劑過渡一下，否則緩沖液中的鹽在高濃度的有機相中很容易析出，堵塞色譜柱。
流動相中所使用的各種有機溶劑要盡可能使用色譜純，配流動相的水建議是超純水或全玻璃器皿的雙蒸水。如果將所配得流動相再經過0·45m的濾膜過濾一次則更好，尤其是含鹽的流動相。另外，裝流動相的容器和色譜系統中的在線過濾器等裝置應該定期清洗或更換。以常規硅膠為基質的鍵合相填料通常的PH值適用范圍是2·0一8·0，BDSC18適合于堿性化合物，PH值適用范圍為2，0一10·0。當必須要在pH值適用范圍的邊界條件下使用色譜柱時，每次使用結束后立即用適合于色譜柱儲存并與所使用的流動相互溶的溶劑清洗，并*置換掉原來所使用的流動相。
色譜柱的保存：
1、反相色譜柱每天實驗后的保養：
使用緩沖液或含鹽的流動相，實驗完成后應用10％的甲醇/水沖洗30分鐘，洗掉色譜柱中的鹽，再用甲醇沖洗30分鐘。注意：不能用純水沖洗柱子，應該在水中加人10％的甲醇，防止將填料沖塌陷。
2、長期保存色譜柱：
如色譜柱要長時間保存，必須存于合適的溶劑下。對于反相柱可以儲存于純甲醇或乙腈中，正相柱可以儲存于嚴格脫水后的純正己烷中，離子交換柱可以儲存于水（含防腐劑*氮化鈉或柳硫汞）中，并將購買新色譜柱時附送的堵頭堵上。儲存的溫度建議是室溫。
